Auditoría de proyectos financiados por el Fondo Mundial (Global Fund) y sector salud en Perú: claves, riesgos y buenas prácticas

Auditoría de proyectos financiados por el Fondo Mundial y sector salud en Perú

La auditoría de proyectos financiados por el Fondo Mundial (Global Fund) representa uno de los procesos más sensibles y especializados dentro del ámbito de la auditoría de ONGs y de entidades que ejecutan programas de salud pública en el Perú. Esto se debe a que estos fondos suelen destinarse a intervenciones de alto impacto en enfermedades como VIH, tuberculosis y malaria, así como al fortalecimiento de sistemas de salud, compras de medicamentos, laboratorios, logística, monitoreo y actividades comunitarias.

En el contexto peruano, estos proyectos pueden ser ejecutados por organizaciones no gubernamentales, receptores principales, subreceptores, consorcios, redes de salud, organismos internacionales o entidades vinculadas al sector público. En todos los casos, la exigencia es la misma: demostrar que los recursos fueron utilizados de manera eficiente, transparente, documentada y conforme a los acuerdos de subvención.

Una auditoría bien planificada no solo busca detectar errores o incumplimientos. También permite fortalecer la gobernanza, mejorar los controles internos, prevenir observaciones del donante y reducir contingencias financieras, tributarias y reputacionales.

En este artículo explicamos, de manera práctica, cómo se auditan los proyectos financiados por el Fondo Mundial en el sector salud peruano, qué normas deben considerarse, cuáles son los riesgos más frecuentes y qué recomendaciones ayudan a una ejecución ordenada y sostenible.

¿Qué particularidades tienen los proyectos del Fondo Mundial en Perú?

Los proyectos financiados por el Fondo Mundial tienen características que los diferencian de una auditoría financiera tradicional. No basta con revisar estados financieros o comprobantes de pago. El auditor debe comprender la lógica del financiamiento, los indicadores programáticos, los presupuestos aprobados, las reglas del donante, los procedimientos de adquisiciones, la trazabilidad de bienes y la relación entre el gasto ejecutado y los resultados sanitarios alcanzados.

En Perú, esto es especialmente relevante en proyectos vinculados a:

• Compra y distribución de medicamentos antirretrovirales o fármacos para tuberculosis.
• Adquisición de insumos de laboratorio y pruebas diagnósticas.
• Contratación de personal asistencial, técnico y comunitario.
• Actividades de prevención en poblaciones clave y vulnerables.
• Fortalecimiento de sistemas de información en salud.
• Subvenciones ejecutadas por ONGs y subreceptores en distintas regiones del país.

Por ello, la auditoría debe integrar una visión financiera, operativa, documental y de cumplimiento.

Marco normativo y técnico aplicable a la auditoría

Normas internacionales de auditoría

En la revisión de este tipo de proyectos, resultan especialmente relevantes las siguientes normas:

• NIA 200 – Objetivos globales del auditor independiente y realización de la auditoría de conformidad con las Normas Internacionales de Auditoría.
• NIA 230 – Documentación de auditoría.
• NIA 240 – Responsabilidades del auditor en la auditoría de estados financieros con respecto al fraude.
• NIA 250 – Consideración de las disposiciones legales y reglamentarias en la auditoría de estados financieros.
• NIA 315 – Identificación y valoración de los riesgos de incorrección material mediante el conocimiento de la entidad y de su entorno.
• NIA 330 – Respuestas del auditor a los riesgos valorados.
• NIA 500 – Evidencia de auditoría.
• NIA 520 – Procedimientos analíticos.
• NIA 530 – Muestreo de auditoría.
• NIA 540 – Auditoría de estimaciones contables y de la información relacionada a revelar.
• NIA 550 – Partes vinculadas.
• NIA 580 – Manifestaciones escritas.
• NIA 700 – Formación de la opinión y emisión del informe de auditoría sobre los estados financieros.
• NIA 705 – Opinión modificada en el informe emitido por un auditor independiente.
• NIA 706 – Párrafos de énfasis y párrafos sobre otras cuestiones en el informe emitido por un auditor independiente.

Normas contables y de información financiera

Dependiendo de la estructura de la entidad ejecutora, pueden aplicarse criterios de las NIIF o marcos contables locales. Entre las referencias más comunes destacan:

• NIC 1 – Presentación de estados financieros.
• NIC 2 – Inventarios, especialmente para medicamentos, reactivos e insumos médicos.
• NIC 16 – Propiedades, planta y equipo, para equipos médicos, mobiliario, vehículos y activos adquiridos con fondos del proyecto.
• NIC 20 – Contabilización de las subvenciones del gobierno e información a revelar sobre ayudas gubernamentales, como referencia técnica en el tratamiento de subvenciones, cuando corresponda por política contable.
• NIC 37 – Provisiones, pasivos contingentes y activos contingentes, útil frente a observaciones, devoluciones o contingencias contractuales.

Normativa peruana relevante

Además de las normas internacionales, en Perú deben observarse disposiciones legales y tributarias vinculadas a la ejecución del gasto, sustentación documental, contratación de personal y conservación de información.

• Código Tributario, aprobado por Decreto Supremo N.° 133-2013-EF: el artículo 87 regula obligaciones de los administrados, incluyendo exhibición y conservación de libros y documentos.
• Ley del Impuesto a la Renta, aprobada por Decreto Supremo N.° 179-2004-EF: el artículo 37 establece el principio de causalidad para la deducción de gastos, referencia útil para revisar razonabilidad y sustento, incluso cuando el proyecto tenga reglas propias del donante.
• Ley del IGV e ISC, aprobada por Decreto Supremo N.° 055-99-EF: el artículo 19 regula requisitos sustanciales y formales para el crédito fiscal, aspecto importante cuando la entidad evalúa recuperabilidad del IGV o su tratamiento como costo del proyecto.
• Ley N.° 29733 – Ley de Protección de Datos Personales: el artículo 28 regula el deber de seguridad respecto del tratamiento de datos personales, muy relevante en proyectos de salud que manejan información sensible de pacientes o beneficiarios.
• Ley N.° 27657 – Ley del Ministerio de Salud: sirve como referencia institucional para comprender la rectoría sectorial y la articulación de intervenciones de salud pública.

Asimismo, deben revisarse los acuerdos de subvención, manuales operativos, presupuestos aprobados, cartas de implementación, políticas de adquisiciones y lineamientos específicos del Fondo Mundial, pues en la práctica estos documentos son la principal base de cumplimiento del proyecto.

Objetivos de la auditoría en proyectos financiados por el Fondo Mundial

Una auditoría de este tipo suele buscar confirmar, entre otros aspectos, lo siguiente:

• Que los fondos fueron utilizados solo para los fines aprobados.
• Que los gastos están debidamente sustentados con documentación válida y suficiente.
• Que las adquisiciones siguieron los procedimientos establecidos por el donante y la entidad.
• Que existe trazabilidad entre desembolsos, bienes adquiridos, actividades ejecutadas y resultados reportados.
• Que los activos e inventarios del proyecto existen, están protegidos y se usan adecuadamente.
• Que los reportes financieros enviados al donante son consistentes con la contabilidad.
• Que los subreceptores o socios implementadores cumplen con las condiciones de la subvención.
• Que los controles internos reducen el riesgo de fraude, error o uso indebido de recursos.

Principales áreas de riesgo en la auditoría de proyectos del sector salud

1. Gastos no elegibles

Uno de los hallazgos más frecuentes es la inclusión de gastos no elegibles. Esto puede ocurrir por errores de clasificación, pagos realizados fuera del período de ejecución, gastos sin autorización previa, penalidades, intereses, compras no presupuestadas o desembolsos sin relación directa con el proyecto.

2. Debilidades en adquisiciones y contrataciones

En proyectos de salud, las compras suelen concentrar montos importantes. Una falla en cotizaciones, evaluación de proveedores, conflicto de interés, recepción de bienes o control de contratos puede generar observaciones significativas.

3. Control deficiente de inventarios médicos

Medicamentos, pruebas rápidas, reactivos y equipos biomédicos requieren un control riguroso. Las diferencias entre existencias físicas y registros, productos vencidos o falta de trazabilidad en la distribución son señales de alerta.

4. Riesgos en subreceptores

Cuando una ONG o receptor principal canaliza fondos a subreceptores en regiones, aumenta el riesgo de documentación incompleta, demoras en rendiciones, criterios contables inconsistentes y controles internos desiguales.

5. Planillas, locadores y consultores

En el sector salud es común contratar coordinadores, promotores comunitarios, técnicos de laboratorio, consultores y personal temporal. La auditoría debe revisar contratos, entregables, asistencia, conformidad del servicio, retenciones tributarias y consistencia con el presupuesto aprobado.

6. Reportes programáticos sin respaldo suficiente

No siempre el riesgo está solo en lo financiero. También puede existir inconsistencia entre el gasto ejecutado y los resultados reportados, por ejemplo, número de tamizajes, campañas realizadas o beneficiarios atendidos.

Tabla comparativa: auditoría financiera tradicional vs. auditoría de proyectos del Fondo Mundial

Procedimientos clave en la auditoría

Planeamiento y entendimiento del proyecto

El auditor debe revisar el acuerdo de subvención, presupuesto aprobado, matriz de indicadores, manuales internos, organigrama, flujo de fondos y esquema de subreceptores. Bajo la NIA 315 – Identificación y valoración de los riesgos de incorrección material mediante el conocimiento de la entidad y de su entorno, este conocimiento es indispensable para diseñar procedimientos adecuados.

Pruebas sobre desembolsos y rendiciones

Se verifica que cada gasto cuente con:

• Comprobante de pago válido.
• Orden de compra o servicio.
• Contrato, cotizaciones o cuadro comparativo, cuando corresponda.
• Conformidad de recepción.
• Evidencia de pago.
• Imputación presupuestal correcta.
• Relación con la actividad financiada.

Revisión de adquisiciones

En compras de equipos, medicamentos o servicios especializados, se revisa el expediente completo: requerimiento, términos de referencia, proceso de selección, evaluación, adjudicación, contrato, recepción, acta de conformidad y registro patrimonial o de almacén.

Toma física de inventarios y activos

Con base en la NIA 500 – Evidencia de auditoría, el auditor puede realizar inspecciones físicas de almacenes, laboratorios, oficinas o establecimientos de salud para validar existencia, estado, ubicación y uso de bienes financiados por el proyecto.

Conciliación entre reportes financieros y contabilidad

Es fundamental que los informes presentados al donante coincidan con los registros contables, auxiliares, conciliaciones bancarias y documentación de soporte. Las diferencias sin explicación suelen derivar en observaciones.

Evaluación del control interno

Se analiza la segregación de funciones, niveles de aprobación, custodia de activos, acceso a sistemas, controles sobre caja y bancos, y supervisión de subreceptores. La NIA 330 – Respuestas del auditor a los riesgos valorados orienta la profundidad de estas pruebas.

Ejemplo práctico: compra de pruebas diagnósticas en una ONG ejecutora

Una ONG en Lima recibe fondos para adquirir pruebas diagnósticas de tuberculosis por S/ 420,000 destinadas a establecimientos de salud en Lima, Callao y Ucayali. Durante la auditoría se identifican los siguientes puntos:

• El expediente de compra tenía tres cotizaciones, pero no existía informe claro de evaluación técnica.
• El acta de recepción coincidía con la factura, pero el kardex de almacén mostraba diferencias en la fecha de ingreso.
• Parte de las pruebas se distribuyó a regiones sin cargo de entrega firmado por el establecimiento receptor.
• El reporte al donante indicaba distribución del 100%, aunque físicamente aún había stock en almacén central.

En este caso, el auditor no solo revisa el pago. También evalúa la trazabilidad completa del bien, desde la compra hasta la entrega final. El hallazgo podría derivar en una recomendación para fortalecer el control logístico, formalizar actas de distribución y alinear reportes programáticos con evidencia física.

Ejemplo práctico: rendición de gastos de subreceptores en regiones

Supongamos que un receptor principal transfiere recursos a tres subreceptores en Loreto, La Libertad y Cusco para actividades de prevención de VIH por un total de S/ 980,000. En la auditoría se detecta que uno de los subreceptores sustentó movilidades locales con declaraciones juradas, pese a que su manual exigía comprobantes de pago y autorización previa para excepciones.

Además, se observa que varios talleres reportados no contaban con listas de asistencia completas ni evidencia fotográfica suficiente. Aunque el gasto estaba contabilizado y pagado, la debilidad documental afectaba la elegibilidad del desembolso.

Este escenario es frecuente en proyectos con ejecución descentralizada. La recomendación sería implementar una revisión preventiva mensual de rendiciones, formatos estandarizados y capacitaciones periódicas a los equipos regionales sobre sustento mínimo aceptable.

Buenas prácticas para una auditoría exitosa

1. Contabilidad separada o centros de costo por proyecto

Es recomendable que cada subvención tenga cuentas contables, auxiliares o centros de costo específicos. Esto facilita la trazabilidad y reduce errores de imputación.

2. Archivo documental ordenado y digitalizado

En proyectos auditables por varios años, la documentación debe conservarse de forma física y digital, con acceso rápido por componente, actividad, proveedor y período.

3. Manuales internos alineados al donante

Las políticas de compras, viáticos, caja chica, contratación y rendición deben estar claramente aprobadas y alineadas con las reglas del Fondo Mundial.

4. Monitoreo permanente a subreceptores

No basta con transferir fondos. Debe existir supervisión financiera y programática, visitas de campo, revisión de rendiciones y retroalimentación documentada.

5. Conciliaciones periódicas

Las conciliaciones bancarias, presupuestales, contables y logísticas deben realizarse mensualmente para detectar diferencias antes de la auditoría externa.

Tabla de documentos críticos que el auditor suele solicitar

Hallazgos frecuentes y su impacto

Entre los hallazgos más comunes en este tipo de auditorías se encuentran:

• Gastos sin documentación suficiente.
• Compras sin evidencia completa del proceso de selección.
• Diferencias entre inventario físico y registros.
• Pagos a consultores sin entregables verificables.
• Rendiciones tardías o incompletas de subreceptores.
• Desviaciones presupuestales no autorizadas.
• Reportes programáticos no conciliados con la ejecución financiera.

El impacto puede ir desde una recomendación de mejora hasta la solicitud de devolución de fondos, suspensión de desembolsos futuros o afectación reputacional de la entidad ejecutora.

Importancia estratégica de la auditoría en el sector salud peruano

En el sector salud, una auditoría no solo protege recursos. También contribuye a que los programas lleguen efectivamente a la población objetivo. Cuando los controles fallan, el problema no es solo administrativo: puede traducirse en quiebre de stock, retrasos en diagnóstico, menor cobertura de prevención o pérdida de confianza de cooperantes internacionales.

Por ello, las organizaciones que ejecutan proyectos del Fondo Mundial en Perú deben ver la auditoría como una herramienta de gestión y mejora continua, no únicamente como una exigencia formal del donante.

Conclusión

La auditoría de proyectos financiados por el Fondo Mundial y del sector salud en Perú exige un enfoque especializado que combine revisión financiera, cumplimiento contractual, control logístico, análisis documental y comprensión del impacto programático. No se trata solo de verificar cifras, sino de asegurar que cada Sol (S/) invertido esté debidamente sustentado y contribuya a los objetivos sanitarios del proyecto.

Para ONGs, receptores principales, subreceptores y entidades vinculadas al sector salud, contar con procesos sólidos de control interno, adquisiciones transparentes, archivos ordenados y monitoreo oportuno puede marcar la diferencia entre una auditoría satisfactoria y observaciones con consecuencias financieras relevantes.

Si su organización ejecuta fondos de cooperación internacional o requiere una auditoría especializada de proyectos del Fondo Mundial en Perú, en Carlos Lingan & Asociados S.C. podemos apoyarlo con un enfoque técnico, práctico y alineado a la normativa aplicable. Para consultas, escríbanos a auditor@carloslingan.pe.